Johannes Strobl stammt aus Kärnten/Österreich und absolvierte sein Musikstudium an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst "Mozarteum" in Salzburg, wo er in der Klasse von Heribert Metzger Lehr- und Konzertdiplom im Fach Orgel sowie das A-Diplom in Katholischer Kirchenmusik mit Auszeichnung ablegte. Parallel dazu inskribierte er an der Paris-Lodron-Universität Salzburg die Fächer Musikwissenschaft und Romanistik. Es folgte ein umfassendes Studium der Alten Musik an der Schola Cantorum Basiliensis bei Jean-Claude Zehnder (Orgel), Jörg-Andreas Bötticher (Cembalo), Jesper Christensen (Generalbass) und Rudolf Lutz (Improvisation). Kurse bei Michael Radulescu, Luigi Ferdinando Tagliavini, Harald Vogel, Almut Rössler und James David Christie ergänzten seine Ausbildung.

Im Jahr 1998 war Johannes Strobl Preisträger beim Paul-Hofhaimer-Wettbewerb in Innsbruck, im Jahr 2000 beim concours musica antiqua in Brügge mit dem auf die Musik des Frühbarock spezialisierten Ensemble Les Cornets Noirs.

Johannes Strobl konzertierte als Solist und Ensemblemusiker in vielen europäischen Ländern, in Israel, Japan, den USA, Brasilien und Argentinien. Engagements renommierter Alte-Musik-Ensembles (Concerto Vocale, Concerto Köln, Capriccio Barockorchester, La Fontaine, Turicum, Die Freitagsakademie, La Cetra) wie moderner Orchester (Camerata Salzburg, Sinfonieorchester Basel, SWR Sinfonieorchester, Wiener Philharmoniker) zur Mitwirkung an Konzerten und Tourneen, Rundfunk-, Fernseh- und CD-Produktionen führten zu Begegnungen mit Dirigenten wie Sir Roger Norrington, René Jacobs, Attilio Cremonesi, Michael Gielen, Peter Schreier, Frieder Bernius, Ivor Bolton, Howard Griffiths, Stephan Soltesz, Vladimir Ashkenazy, Michel Corboz und Hans-Michael Beuerle.

2001 wurde Johannes Strobl zum hauptverantwortlichen Kirchenmusiker der Pfarrei St. Goar in Muri AG gewählt und betreut in dieser Funktion die bedeutende historische Orgelanlage der Klosterkirche Muri. Als künstlerischer Leiter der Konzertreihe Musik in der Klosterkirche Muri belebt er die aargauische Kulturlandschaft mit aussergewöhnlichen Projekten wie Aufführungen mehrchöriger Musik von den vier Emporen des oktogonalen Raumes oder historisch informiert in Szene gesetzten Karwochenoratorien vom Wiener Habsburger Hof.

Mit dem an der Klosterkirche Muri beheimateten professionellen Vokalensemble Cappella Murensis tritt Johannes Strobl auch als Dirigent in Erscheinung. Neben den Kirchenwerken von Monteverdi, Bach, Händel und Mozart steht immer auch weniger Bekanntes aus dem Repertoire des 17. und 18. Jahrhunderts auf den Programmen, darunter nicht selten Erstaufführungen unbekannter Musik aus Schweizer Klöstern, dokumentiert in Mitschnitten von SRF 2 und Espace 2 sowie in der Ersteinspielung von Johann Valentin Rathgebers "Messe von Muri", erschienen 2007 bei audite.

2008 trat Johannes Strobl mit einer ersten Solo-SACD an die Öffentlichkeit: "Christ lag in Todesbanden", aufgenommen an der Grossen Orgel der Klosterkirche Muri, vereint Literatur der norddeutschen Orgelschule und Werke von Johann Sebastian Bach und erhielt den Vierteljahrespreis der Deutschen Schallplattenkritik. Für "Polychoral Splendour", mehrchörige Musik von Giovanni Gabrieli und Heinrich Schütz, aufgenommen von den vier Emporen der Klosterkirche Muri (audite 2012), wurden die Cappella Murensis und das Ensemble Les Cornets Noirs unter seiner Leitung mit dem International Classical Music Award 2013 in der Sparte Baroque vocal ausgezeichnet.